ابهام در نظارت، بی‌توجهی به بحران‌های محیطی و نبود شفافیت در عملکرد، اداره محیط زیست شهرستان اسلامشهر را با موجی از انتقادهای عمومی مواجه کرده است. ورود فاضلاب به کانال‌ها، هجوم پشه‌ها به مناطق مسکونی و بلاتکلیفی تجهیزات هشداردهنده آلودگی هوا، تنها بخشی از چالش‌هایی‌ست که نشان‌دهنده ضعف ساختاری و مدیریتی در این نهاد است.